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單分子成像:結(jié)構(gòu)生物學(xué)的未來

日期:2025-12-10 22:41
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摘要: 結(jié)構(gòu)到功能的研究對(duì)生物學(xué)領(lǐng)域有著重要的意義。自從解析出DNA的三維結(jié)構(gòu)后,結(jié)構(gòu)生物學(xué)幫助科學(xué)家們解析出了更多的生物大分子的結(jié)構(gòu),解決了很多生物學(xué)的根基上的問題。然而,結(jié)構(gòu)生物學(xué)的發(fā)展受到了技術(shù)層面上的重大瓶頸。新技術(shù)的出現(xiàn),將對(duì)結(jié)構(gòu)生物學(xué)的發(fā)展帶了跨越式的進(jìn)展。 傳統(tǒng)的結(jié)構(gòu)解析方法是X光衍射和核磁共振成像(NMR)。X光衍射(X-ray),通過高能的X光轟擊生物大分子的晶體,可以獲得電子密度的信號(hào),從而可以構(gòu)建出大分子的三維坐標(biāo),可以解析相對(duì)較大的分子構(gòu)象。但是,X-ray成像的方法有著一定的缺陷,...
結(jié)構(gòu)到功能的研究對(duì)生物學(xué)領(lǐng)域有著重要的意義。自從解析出DNA的三維結(jié)構(gòu)后,結(jié)構(gòu)生物學(xué)幫助科學(xué)家們解析出了更多的生物大分子的結(jié)構(gòu),解決了很多生物學(xué)的根基上的問題。然而,結(jié)構(gòu)生物學(xué)的發(fā)展受到了技術(shù)層面上的重大瓶頸。新技術(shù)的出現(xiàn),將對(duì)結(jié)構(gòu)生物學(xué)的發(fā)展帶了跨越式的進(jìn)展。

傳統(tǒng)的結(jié)構(gòu)解析方法是X光衍射和核磁共振成像(NMR)。X光衍射(X-ray),通過高能的X光轟擊生物大分子的晶體,可以獲得電子密度的信號(hào),從而可以構(gòu)建出大分子的三維坐標(biāo),可以解析相對(duì)較大的分子構(gòu)象。但是,X-ray成像的方法有著一定的缺陷,首先是X光衍射需要獲得大分子的晶體,這相當(dāng)之難,同時(shí)晶體狀態(tài)下的大分子構(gòu)象可能并不是生物活性狀態(tài),而且該方法沒辦法解決更大型的分子。而NMR成像利用氫原子核在強(qiáng)磁場(chǎng)下的共振獲得信號(hào),可以在溶液狀態(tài)下解析出分子的三維結(jié)構(gòu)。但是NMR受限于強(qiáng)磁場(chǎng)的強(qiáng)度,只能解析較小的生物大分子,也限制了結(jié)構(gòu)生物學(xué)的發(fā)展。

因?yàn)榻Y(jié)構(gòu)生物學(xué)希望能夠獲得更大型、多聚體、復(fù)合物的生物活性狀態(tài)下的結(jié)構(gòu),X-ray和NMR都存在著天然的缺陷。然而,早已出現(xiàn)的電子顯微鏡(EM)卻在近些年來廣泛用于結(jié)構(gòu)生物學(xué)領(lǐng)域,讓古老的技術(shù)放出了新的活力。更敏感的電子檢測(cè)探頭的出現(xiàn),更高效準(zhǔn)確的計(jì)算重構(gòu)方法,讓該技術(shù)更有潛力。該方法不需要大分子形成晶體,結(jié)合其他的樣本準(zhǔn)備方式,冷凍蝕刻電鏡已經(jīng)成為了單分子成像領(lǐng)域的熱門,可以用來解析超過50千道爾頓到數(shù)千千道爾頓的優(yōu)選技術(shù)。但是,該方式也存在著一個(gè)問題就是,該方法解析出的結(jié)構(gòu)是分子的平均構(gòu)象,讓得到的機(jī)構(gòu)更加模糊。該問題對(duì)于X-ray和NMR也同樣存在。

然而 Longchamp等人開發(fā)出了一種新的結(jié)構(gòu)解析方法,基于單分子的成像,可以解析出單個(gè)分子的結(jié)構(gòu)信息,而不平均的構(gòu)象。該方法需要特殊的樣本準(zhǔn)備方法。需要利用離子束將樣本在超真空環(huán)境下的超清潔的石墨烯平面上軟著陸。因?yàn)槭┑姆€(wěn)健的強(qiáng)度,對(duì)電子束超好的透明性,使其成為了生物成像領(lǐng)域的新寵兒,還被用于了**的冷凍蝕刻電鏡成像。與電鏡成像不同,該新方法使用傳統(tǒng)的相對(duì)較弱的電子束,來產(chǎn)生成像信號(hào),避免高強(qiáng)度電子束對(duì)于樣本的損壞。同時(shí),基于CCD的電子檢測(cè)器可以高效收集電子的散射信號(hào)。超清潔的石墨烯基質(zhì)至關(guān)重要,因?yàn)槿⒊上裥枰?*地減去背景的電子信號(hào)噪音。CCD獲得電子信號(hào)后通過數(shù)學(xué)方法可以重構(gòu)出單分子的結(jié)構(gòu)圖。

Longchamp等人發(fā)明的單分子全息電子散射成像的方法有著很多好處,首先是需要的電子束要求不高,所以不會(huì)很貴,而且不需要形成晶體來成像。同時(shí),低能量電子也不會(huì)對(duì)樣品造成太大的破環(huán)。而可以重構(gòu)單分子的三維結(jié)構(gòu),而不是平均結(jié)構(gòu),這樣可以抓住蛋白質(zhì)等大分子的多種狀體下的三維結(jié)構(gòu),這對(duì)于結(jié)構(gòu)生物學(xué)和生物物理學(xué)意義非凡。當(dāng)然,該方法目前只能獲得低精度的結(jié)構(gòu),更加嚴(yán)格的數(shù)學(xué)方法將幫助該方法,來獲得更好的結(jié)構(gòu)。

盡管現(xiàn)在冷凍蝕刻電鏡(Cryo-EM)正如日中天,單分子全息成像的技術(shù)卻更能代表結(jié)構(gòu)生物學(xué)的未來?;蛟S結(jié)構(gòu)生物學(xué)的大發(fā)展就在不遠(yuǎn)的未來。 

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